Las úlceras pépticas son erosiones en el revestimiento del estómago y del duodeno (parte superior del intestino delgado), generalmente causadas por una infección bacteriana de Helicobacter pylori. El estómago produce ácido clorhídrico y enzimas, incluyendo la pepsina, que fragmentan y digieren los alimentos.  Existe una capa mucosa que reviste el estómago y lo protege frente al ácido. Las prostaglandinas también favorecen esta protección. Cuando disminuyen estas defensas, el ácido y la pepsina actúan, formando una herida a la que se conoce como úlcera. El H. pylori es una bacteria productora de ureasa, que disminuye la capacidad del estómago de producir mucus, haciéndolo más propenso a la lesión provocada por el ácido y a las úlceras pépticas.

   El diagnóstico de laboratorio de las úlceras pépticas causadas por H. pylori puede realizarse utilizando una gran variedad de métodos y en distintos tipos de muestra. La prueba de laboratorio más común para el diagnóstico de las úlceras pépticas es la detección de anticuerpos frente a H. pylori en sangre. Su presencia indica que en algún momento ha sido infectado por este organismo. También se puede recoger una muestra de heces para examinar la presencia del antígeno de H.pylori; sin embargo, éste análisis no es apropiado en aquellos casos que aparecen deposiciones sanguinolentas. Otra alternativa es realizar la prueba del aliento, que detecta la actividad enzimática de H. pylori. Finalmente, también pueden utilizarse procedimientos de tipo invasivo. Éstos incluyen la radiografía y la endoscopia del tracto GI, que se realiza mediante la introducción de una cámara fotográfica minúscula colocada en el extremo de un tubo fino, a través de la boca, por debajo del esófago, hasta el duodeno. Si durante la endoscopia se obtiene tejido del estómago (biopsia), puede ser examinado en el laboratorio para detectar la presencia de una infección activa por H. pylori y de la lesión asociada al estómago (gastritis).